《宇宙海盜夏羅古》故事情節敘述了某個漂渺的時空，西元2977年，生物的足跡已遍及宇宙，在遙遠的太陽系上開始創建殖民地，人口數量暴減至多達5,000億，然而世事盛極必衰，生物開始轉入衰退期，一場重回火星的行動由此揭開序幕。新的掌權制度在戰亂中成型，「回歸戰爭」完結後新中央政府宣告火星為「不可侵犯領域」。此後，火星被當成神聖社會秩序的象徵，而遠在宇宙各外星的生物不能一邊仰望家鄉，一邊在邊陲等死……

但有一個人沒有被單方面宣告的「現實」而打倒！他義無反顧地自由選擇鎮壓！駕著承載了好友信念與肉體的幽靈宇宙戰列艦，百年來大大激怒且擊退了無數聯邦中央政府軍艦，向「和諧」了一切的霸權挑戰！這個傳說中擁有不死之身，象徵了自由信念的新世紀幽靈，就是中央政府頭號逮捕人物「宇宙海盜夏羅古」！ 現在，夏羅古帶領手下駕駛員著擁有「暗物質能量」的「愛干達號」，方案找出「時空節點」，企圖重置時空，返回戰亂前的歲月，與此同時，作戰的前方卻隱藏了一個關乎生物存亡的驚天隱祕……